判断公司违反规定扣款是否合法，需注意以下特殊情形：
1、规章制度未公示或员工不知情：若公司规章制度未依法公示或未明确告知员工，即使员工违规，依据此制度的扣款也无效。因员工无法知晓未公示/告知的内容，不能以此处罚扣款。
2、罚款超月工资20%且低于最低工资：即使制度合法，若罚款超员工月工资20%，且扣除后工资低于当地最低工资标准，扣款也不合法。法律对罚款有金额限制，保障员工基本生活。
3、扣款影响基本生活保障：若扣款导致员工无法维持当地最低生活水平，即使制度看似合法，该行为也可能因违反公平合理原则被认定无效。保障员工基本生活是法律基本要求。
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您问违反公司规定扣款是否合法，需结合具体情况判断：
公司罚款需有明确法律依据和合法规章制度支持。
- 无合法制度支持的扣款不合法，缺乏制度基础。
- 规章制度未经民主程序制定（如未召开职代会/全体职工讨论，未与工会或职工代表协商），依此制度的扣款无效。
- 罚款金额或方式不符合法律规定（如罚款后工资低于最低工资，或比例过高），扣款行为不合法。
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违反公司规定被扣款可能存在法律风险，举例如下：
1、经济损失风险：若扣款不合法，员工会受经济损失。如员工因轻微违规，公司扣除其月工资30%（未合法公示制度），导致实际工资低于当地最低工资标准，即属不合理经济损失。
2、证据链风险：员工若缺乏制度或罚款依据证据，维权时难证明扣款无效。如公司口头扣款无书面通知，员工也无沟通记录，劳动仲裁时难以证明扣款行为及不合理性。
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判断违反公司规定扣款是否合法，可依据《中华人民共和国劳动合同法》（2012年修正）第四条。该条款规定：“用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。”
该条款明确：公司制定劳动纪律等直接关乎劳动者切身利益的规章制度，必须经民主程序、平等协商，并向劳动者公示或告知。若公司仅依据未经上述程序制定或未公示告知的制度扣款，即违反法律规定，扣款行为不合法。只有制度符合该条款要求，且扣款金额和方式合理，违规扣款才可能合法。

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